《雷霆三人行》讲述了三个青梅竹马的挚友拼命寻找失踪少女的故事。本剧集围绕着平凡的中学生平太郎和两个好友燕和广志展开，三人被称为“小不点三人组”。平太郎开朗活泼的妹妹双叶突然失踪，彻底改变了他们的生活。三人合力寻找双叶，但这段旅程很快就演变成一场远超想象的非凡冒险。

生活在现代的青年——摩绪（MAO）。因"诅咒"而存活了 900 年的神秘阴阳师。生活在令和时代的女中学生黄叶菜花。幼年时遭遇事故，全家只有她一人幸存。某日，当菜花穿过那扇已成为事故现场的商店街大门时，误入妖怪横行的昭和年代。与摩绪相遇的菜花——“你这家伙，是妖怪吧。”被摩绪这么一说，菜花才意识到自己

故事发生在明治四十年（1907 年）在京都伏见居住的百川稻子什么都不擅长，每天都被父亲责骂，对于她来说的救赎就是祈祷神佛，某天一如往常她前往伏见稻荷神社参拜神明，遇到了一位自由奔放的少年坂本喜八，坂本喜八对稻子说不要信这些看不见的东西，从今之后将是电气时代。而此时稻子的 父亲对稻子说了关于结婚的事情

为了培养下一任皇妃，从五大名门中召集了公主们聚集的宫殿——『雏宫』。 名门之一的黄家之女，美丽聪慧的玲琳，作为“殿下的蝴蝶”备受众人喜爱。 然而在乞巧节的夜晚，她与被称为恶女、遭人厌恶的朱家之女慧月，被对方互换了身体。 当她意识到时，已被宣告即将执行处刑，陷入绝境。 但自幼体弱多病、一直与死亡为邻的